Jeotermal işletmeciliği sırasında yerkürenin derinliklerinden çıkarılan akışkanlar geçtikleri ortamlarda bulunan katı maddelerin bir kısmını çözerek bünyesine kattıkları için, jeotermal akışkanlar yüksek mineral konsantrasyonlarına sahiptirler. Jeotermal akışkanların kullanıldıktan sonra çevreye bırakılması, çevre ve tarıma büyük zararlar vermektedir. Jeotermal enerji santrallerinde (JES) büyük miktarlarda atık su üretilmektedir. Atık suların kimyasal yollarla arıtılması mümkündür, ancak maliyetleri çok yüksektir. Bor’un kimyasal yollarla atık sudan alınması için 0,1 cent/m3 harcama yapılması gerekmektedir. Atık sulardan kurtulmanın en ucuz ve kolay yolu ise bu suların tekrar yeraltına basılmasıdır. Bu işlem “reenjeksiyon” olarak adlandırılmaktadır.
Jeotermal sahalarda reenjeksiyon çalışmaları, önem sırasına göre şu nedenlerle yapılmaktadır: Çevre kirliliğini önlemek, toprağı-suları ve bitkileri zararlı elementlerden korumak; Atık sudaki termal enerjiyi tekrar kazanmak; Üretim nedeniyle oluşan basınç düşüm hızının azaltılmasını ve rezervuarın yapay olarak beslenmesi; Sahanın ekonomik ömrünün uzatılması; Rezervuar basıncının düşümünün yüzeyde oluşturduğu çökme ve kaymaları önlemek.
Su baskın jeotermal sahalarda atık su miktarı 1000-3000 ton/saat arasında değişmektedir. Bu tür bir sahadan yılda 7-30 milyon ton sıcak su doğaya atılmaktadır. 1993 yılında Niyazi Aksoy Kızıldere jeotermal sahasında yaptığı çalışmada buradaki JES’ten 800 ton/saat atık suyun doğaya salındığını saptadı. Bu çalışmaya göre Kızıldere’deki JES 1988 yılından itibaren bir yılda çıkardığı 7 milyon ton akışkanın ancak yüzde 11’ni (636.363 ton/yıl) elektrik üretiminde kullandı, geriye kalan yüzde 90 (6 milyon 363 bin ton/yıl) akışkanı ise direkt olarak Büyük Menderes Nehrine bıraktı.
Kızıldere’deki JES’in çalışması ile beraber 2006 yılına kadar çıkarılan akışkan ile beraber 210.000 kg/yıl Bor, 4.900 kg/yıl Arsenik, Büyük Menderes Nehrine bırakılmıştır. 2006 yılında Kızıldere’deki JES el değiştirip faaliyeti yeniden düzenlenmiş olsada, 2006 yılından sonrada çıkarılan akışkanın yüzde 21’lik kısmı Büyük Menderes nehrine bırakılmaya devam edilmiştir.
Şu anda Aydın Menderes Havzasında 35 JES faaliyet göstermekte olup, bu JES’ler 80 milyon ton/yıl kadar akışkanı Büyük Menderes Nehrine bırakmaktadır. Bu bırakılan akışkanlar ise Büyük Menderes Nehrinde 2.8 milyon ton/yıl Bor, 65 bin kg/yıl Arsenik kirlilik yükü oluşturmaktadır.
Diğer yandan yapılan çalışmalarda jeotermal akışkanların doğrudan akarsuya verilmesi sonucunda doğal koşullarda Ca-HCO3 karakterinde olan su kompozisyonu, Na-HCO3 karakterine dönüşmekte, normalde Menderes nehir suyunda oldukça düşük olan ağır metal ve iz element derişimlerin belirgin biçimde arttığı tespit edilmiştir.
Aydın’daki uygulamalara baktığımızda, JES’lerin reenjekte etmeyip doğaya bıraktığı akışkanlarla birlikte yüzbinlerce kilogram zararlı maddeyi akarsulara, göllere, denize boşalttığı görülmektedir. Bu sular ise sulama kanallarıyla çok geniş bir alana yayılarak toprağı ve yeraltı sularını kirletmektedir.
Jeotermal şirketlerin çıkardıkları akışkanları reenjekte etmeyip doğal ortama salmalarının tek gerekçesi maliyet. Reenjeksiyon giderleri ise 0.1 cent/kWh kadardır. İşte JES şirketleri bu maliyeti ödememek yada daha fazla kazanmak adına çıkardıkları akışkanları reenjekte etmekten kaçınmaktalar.
Oysaki bir jeotermal kaynağın verimli ve efektif kullanılması için en temel adımlardan birisi de “Jeotermal Reenjeksiyon” uygulaması olup, farklı amaçlarla kullanılan akışkanın çevreyi kirletmeden bertaraf edilmesi, yer altı stabilizasyonunun ve basıncının korunması, rezervuarın ömrünün uzatılması ve olası çökmelerin engellenmesi gibi faydalar sağlanmaktadır.
Araştırma sonuçlarına bakıldığında Türkiye’de jeotermal enerji kaynakların iyi yönetilemediği, gelişigüzel bir biçimde idare edildiği ortaya çıkmaktadır. 
Türkiye’de günümüzde benimsenen “Kuyu Del- Bağla- Üretim Yap” gibi vahşi anlayışın geleceğinin olmadığı, aksine gelecekte var olabilecek potansiyel kaynaklarımızı da yok ettiği şüphe götürmez bir gerçektir. Bu yüzden öncelikli olarak kaynağın ele alınış biçimi ve yönetimi değiştirilmelidir.
Rastgele yönetilen bu kaynaklar çoğunlukla verimlerini yitirmekte ve bazı bölgelerde tükenme noktasına gelmektedir. O nedenle reenjeksiyon prosesi başlı başına düşünülmesi gereken ve kaynağın sürdürülebilirliği, rezervuarın yapısının korunması için hayati bir öneme sahiptir.
Türkiye’de maalesef jeotermal akışkanların çevresel kirliliği ile alakalı olarak özel bir yasa bulunmamaktadır. Sadece jeotermal santrallerde ve işletmelerde reenjeksiyon uygulaması zorunlu kılınmıştır. Fakat açılan yanlış ve plansız kuyular ile çevresel kirlilik her geçen gün artarak devam etmektedir.
Bilimsel ve teknolojik gelişmeler doğrultusunda denetimlerin olmaması ve yasal boşluk bırakılması özellikle jeotermal enerji açısından çok tehlikelidir. Özellikle ülkemizde bu konuda Manisa Alaşehir civarında yaşanan patlama olayı örnek olarak gösterilebilecektir. Kontrolsüz çekim ve birbirine çok yakın kuyuların açılmasına bağlı arazi çökmeleri, kuyularda patlama olması ile çevreye akışkan ve buharın yayılması sonucu hem çevre hem insan hayatına olan etkileri, heyelan ve sismik tetiklemelere yol açabilmesi gibi farklı sorunlarda mevcuttur.
2016 yılında yapılan Aydın Çevre Kurultayı Sonuç Raporu kapsamında özelikle Menderes Havzası için en önemli kirleticinin “Jeotermal Kökenli Reenjekte Edilmeyen Sular” olduğu özellikle belirtilmiş ve mevcut kanun ile yönetmeliklerde değişiklik yapılması talep edilmiştir. Jeotermal Kaynaklar ve Doğal Mineralli Sular Kanunu Uygulama Yönetmeliği günümüz şartlarında teknik incelemeler yapılarak baştan yapılandırılmalı ve bütünleşik kaynak yönetimi esasları göz önünde bulundurularak uygulamaya geçirilmelidir.
Çevresel kirliliğin önlenmesi adına ise hem yasal hem teknik çözümler alınmak zorundadır. Özellikle jeotermal akışkanların kirliliğini düzenleyen ve denetlenmesini sağlayan bir yasa acil olarak çıkarılmalıdır.